تفاوت ژنومیک باکتری و ویروس

تفاوت ژنوم باکتری و ویروس خیلی زیاد است؛ ولی اتفاقاً بخش بزرگی از ابزارهای تحلیلی مشترک‌اند.

اگر با باکتری کار کنیم، مثلاً Acinetobacter baumannii، می‌توانیم یک پروژه نسبتاً کامل انجام دهیم:

FASTQ → QC → trimming → mapping/assembly → SNP → AMR genes → virulence genes → phylogeny

در ویروس، مسیر می‌تواند خیلی کوتاه‌تر باشد:

FASTQ → QC → assembly/mapping → variant calling → genome annotation → phylogeny

اما یک تفاوت بسیار مهم وجود دارد:

🦠 ویروس‌ها گاهی از باکتری‌ها سخت‌ترند

کوچک‌تر بودن ژنوم به معنی ساده‌تر بودن همه‌چیز نیست.

مثلاً در RNA virus مشکلاتی مثل:

• نرخ جهش بالا
• جمعیت‌های متنوع داخل یک نمونه
• quasispecies
• خطاهای sequencing
• recombination
• تغییرات سریع ژنومی

می‌توانند تحلیل را پیچیده کنند.